2009年1月SAE正式颁布了AS9100C版标准。该版标准对B版标准作了较大的修改，主要由以下几个方面：

a.扩大了标准适用组织的范围，在原航空航天工业组织的基础上，增加了国防工业组织。由此，将标准的题目“航空航天质量管理体系要求”更改为“航空、航天和国防组织质量管理体系要求”。（前言）

同时，进一步明确了应用本标准的组织类型，即有能力设计、开发和/或生产航空航天和国防产品，以及对他们自身产品提供交付运输支持的组织，包括维护服务，提供备件或材料的组织。而对从事航空商用和军用产品的维护、维修和检查服务项目的组织，则适用IAQG开发的9110标准“航空维修组织质量管理体系要求”；对从事将采购的零件、材料和装配件分销给航空航天和国防工业客户的组织应使用IAQG开发的9120标准“航空航天和国防分销商质量管理体系要求”。（条款1.2）

b.进一步强调了法律法规对该标准的优先地位，明确规定当本标准的要求与现行法律法规相冲突时，后者优先。（条款1.1）

c.增加了对“风险（Risk）”、“特殊要求（Special Requirements）”和“关键项（Critical Items）”的定义和控制要求。

d.增加了组织最高管理层应确保产品符合性和准时交付的要求。（条款5.2）

e.对标准第7章作了较大的修改，主要由以下几点：

（1）在条款7.1中对组织在进行产品实现策划时，明确了确定产品的质量目标和要求应考虑的因素。

（2）在第7章增加了条款7.1.1“项目管理”和条款7.1.2“风险管理”，并将B版标准条款4.3“技术状态管理”和条款7.5.1.4

“在组织设施外进行的暂时性转移工作的控制”移至第7章，条款号分别为7.1.3和7.1.4。

（3）将B版标准条款7.3.6.1和7.3.6.2的位置对调。

（4）对供方的控制要求作了补充和细化，增加了组织对选择和使用供应商的风险管理要求。（条款7.4.1）

（5）对采购信息作了进一步补充和细化。（条款7.4.2）

（6）删除B版标准条款7.5.1.1，将相关要求纳入条款7.5.1。

f.明确规定监视和评价客户满意度的信息应包括产品符合性、及时交付的业绩、顾客抱怨和纠正措施要求以及改进顾客满意度的要求。

g.删除了B版标准条款8.2.2有关“应采用适用的工具和技术如检查单、过程流程图以及类似方法以支持质量管理体系要求的审核。所选择的工具的适用性将由内部审核过程的有效性和整个组织的业绩来测量。内部审核也应满足合同和/或法规的要求。”的要求。（条款8.2.2）

h. 增加了组织应监视改进措施的执行并评估结果的有效性的要求（条款7.4.2）